1、預(yù)變性--模板DNA*變性與PCR酶的*激活對PCR能否成功至關(guān)重要,建議加熱時間參考試劑說明書,一般未修飾的Taq酶激活時間為兩分鐘。
2、循環(huán)中的變性步驟--循環(huán)中一般95℃,30秒足以使各種靶DNA序列*變性,可能的情況下可縮短該步驟時間,變性時間過長損害酶活性,過短靶序列變性不*,易造成擴(kuò)增失敗。
3、引物退火--退火溫度需要從多方面去決定,一般根據(jù)引物的Tm值為參考,根據(jù)擴(kuò)增的長度適當(dāng)下調(diào)作為退火溫度。然后在此次實驗基礎(chǔ)上做出預(yù)估?! ⊥嘶饻囟葘CR的特異性有較大影響。
4、引物延伸--引物延伸一般在72℃進(jìn)行(Taq酶zui適溫度)。但在擴(kuò)增長度較短且退火溫度較高時,本步驟可省略 延伸時間隨擴(kuò)增片段長短而定,一般推薦在1000bp以上,含Pfu及其衍生物的衍生設(shè)定為1min/kbp。
5、循環(huán)數(shù)--大多數(shù)PCR含25-40循環(huán),過多易產(chǎn)生非特異擴(kuò)增。
6、zui后延伸--在zui后一個循環(huán)后,反應(yīng)在72℃維持5-15分鐘.使引物延伸*,并使單鏈產(chǎn)物退火成雙鏈。